Alors que plusieurs pays africains développent désormais le test de Covid-19, les Centres africains de contrôle et de prévention des maladies (Africa Cdc) ont lancé un réseau de laboratoires pour renforcer le séquençage du génome du syndrome respiratoire aigu sévère coronavirus 2 (Sars-CoV-2), le virus qui provoque la Covid-19.
Douze laboratoires de référence spécialisés et régionaux du réseau fourniront des services de séquençage, d’analyse de données et d’autres services de soutien technique aux pays où ils sont établis ainsi qu’aux pays voisins et aux pays de leurs sous-régions.
Le séquençage en cours fournit déjà des informations cruciales pour déterminer le type de lignée Sras-CoV-2 qui circule dans certains pays. Il a montré que la plupart des génomes du Sras-CoV-2 circulant en Afrique sont attribués à la lignée B.1 qui a émergé de l’épidémie en Europe.
En Afrique, dix lignées ont été identifiées et plus de 80 000 séquences ont été produites dans le monde. Le regroupement de virus de différents pays dans une même lignée ou sous-lignée a révélé un lien ou une importation de virus entre les pays. Des pays tels que la République démocratique du Congo (Rdc) et l’Afrique du Sud présentent une transmission localisée, tandis qu’en Rdc, il y a également importation de cas en provenance du Ghana, du Maroc et du Sénégal.
« En 2019, les Cdc Afrique ont lancé l’Institut de génomique des agents pathogènes pour soutenir l’intégration de la génomique et de la bio-informatique des agents pathogènes dans la surveillance de la santé publique, la détection des épidémies et les enquêtes, et pour améliorer le contrôle et la prévention des maladies en Afrique. La mise en place du réseau de séquençage de Covid-19 contribuera à améliorer la surveillance sur le continent et aidera les pays à gérer et à contrôler efficacement la pandémie. Alors que la courbe de la pandémie de Covid-19 s’aplatit en Afrique, nous devons nous préparer à une éventuelle résurgence, comme cela a déjà été observé dans certains pays. Grâce au séquençage génomique, nous pouvons mieux comprendre la pandémie en identifiant plus précisément les groupes de transmission », a déclaré Dr John Nkengasong, directeur du Cdc Afrique.
